Keberadaan sebuah institusi yang menangani dan menyelesaikan sengketa pertanahan mempunyai arti yang sangat penting. Pada awalnya penanganan dan penyelesaian sengketa pertanahan yang terjadi di kabupaten/ kota ditangani oleh Sub Seksi Penyelesaian Masalah Pertanahan yang berada di bawah struktur Seksi Hak Atas Tanah sesuai dengan Keputusan Kepala BPN Nomor 1 Tahun 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Badan Pertanahan Nasional di Provinsi dan Kantor Pertanahan di Kabupaten/ Kotamadya. Perkembangan selanjutnya, berdasarkan Peraturan Kepala BPN RI Nomor 4 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Badan Pertanahan Nasional dan Kantor Pertanahan, Sub Seksi Penyelesaian Masalah Pertanahan ditingkatkan kelembagaannya menjadi satu seksi tersendiri yaitu Seksi Sengketa, Konflik, dan Perkara. Namun kenyataannya, berdasarkan data dari Kantor Pertanahan Kabupaten Kebumen jumlah sengketa pertanahan yang masuk ke laporan kantor pertanahan dari tahun 2007 sampai dengan 2010 justru semakin lama semakin meningkat. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian mengenai upaya
penyelesaian sengketa pertanahan yang telah dilakukan oleh Kantor Pertanahan Kabupaten Kebumen, baik sebelum maupun sesudah peningkatan kelembagaan sengketa pertanahan sebagai acuan untuk dapat melihat tingkat efektivitasnya.

Metode penelitian ini menggunakan metode deskriptif komparatif dengan pendekatan kualitatif. Data yang dihimpun adalah data primer yang diperoleh melalui wawancara dan data sekunder yang diperoleh dari studi dokumen. Data yang telah diperoleh kemudian dianalisis dan dituangkan dalam bentuk deskriptif dan untuk selanjutnya disederhanakan dan disusun dengan sistematis dan logis.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa upaya penyelesaian sengketa pertanahan di Kantor Pertanahan Kabupaten Kebumen sebelum peningkatan kelembagaan sengketa pertanahan dilakukan melalui 2 (dua) cara sebagai berikut: (1) Non Peradilan (Non Litigasi), yaitu melalui musyawarah dan pihak yang memegang peranan penting dalam penyelesaian sengketa (musyawarah) yaitu pemerintah desa, sedangkan kantor pertanahan (Sub Seksi Penyelesaian Masalah Pertanahan) sifatnya hanya menyarankan kepada pemerintah desa untuk menyelesaikan sengketa; dan (2) Peradilan (Litigasi), yang mana sebagian besar sengketa pertanahan yang terjadi diselesaikan melalui lembaga peradilan. Sedangkan upaya penyelesaian sengketa pertanahan di Kantor Pertanahan Kabupaten Kebumen setelah peningkatan kelembagaan sengketa pertanahan dilakukan pula melalui: (1) Non Peradilan (Non Litigasi), yaitu penyelesaian sengketa dilakukan melalui mediasi sesuai ketentuan Petunjuk Teknis Nomor 05/JUKNIS/DV/2007 tentang Mekanisme Pelaksanaan Mediasi dan pihak yang memegang peranan penting sebagai mediator yaitu Seksi Sengketa, Konflik dan Perkara Kantor Pertanahan Kabupaten Kebumen; dan (2) Peradilan (Litigasi), yang mana jumlah sengketa yang berhasil diselesaikan melalui peradilan ini mengalami penurunan yang sangat signifikan dibandingkan dengan ketika masih ditangani oleh Sub Seksi Penyelesaian Masalah Pertanahan.