Ali Mudhofir lahir di Pati, Jawa Tengah, pada tanggal 11 Oktober 1948. Sekolah Rakyat diselesaikan di kota kelahirannya, dan sesudah itu melanjutkan SLTP di Kudus dan SLTA di Sala 1967-1972 melanjutkan kuliah di IKIP Negeri Yogyakarta dan memperoleh gelar Sarjana Pendidikan, Jurusan Pendidikan Sosial. Di samping itu pada 1968-1973 kuliah di Fakultas Filsafat Universitas Gadjah Mada dan memperoleh gelar Sarjana Filsafat.

Sejak 1975 sampai sekarang, menjadi tenaga pengajar di Fakultas Filsafat UGM. Pada 1975-1980 menjadi asisten Profesor Notonagoro untuk mata kuliah Filsafat Pancasila dan Asas-Asas Filsafat, Pada 1983 mengikuti Innotech Training Program di Quezon City, Manila, Filipina. Pada 1999-2001 mengikuti Program Pascasarjana untuk studi Ilmu Filsafat dan memperoleh gelar Magister Humaniora. Mulai tahun 2002 mengumpulkan bahan untuk penulisan disertasi tentang Filsafat Cina dengan topik Moralitas Konfusianisme.

Karya-karya yang telah dihasilkan: Suatu Konsepsi ke Arah Penertiban Bidang Filsafat (1979, alih bahasa), Kamus Teori dan Aliran dalam Filsafat dan Teologi (1996), Filsafat Ilmu (1996, karya bersama), dan yang terakhir adalah Kamus Filsuf Barat (2001). Beberapa karya yang sedang dalam proses penyelesaian adalah Kamus Filsuf dan Sufi Muslim, Kamus Etika dan Estetika, Pengantar Filsafat dan Logika.