Lahan Sawah Dilindungi (LSD) merupakan instrumen pengendalian alih fungsi lahan sawah untuk mendukung ketahanan pangan. Namun, masih ditemukan ketidaksesuaian antara Peta LSD dan penggunaan sawah aktual di Kecamatan Mungkid dan Kecamatan Mertoyudan, Kabupaten Magelang. Penelitian ini bertujuan menganalisis pola spasial ketidaksesuaian antara Peta LSD dan penggunaan sawah aktual, menganalisis pengaruh ketidaksesuaian Peta LSD terhadap RTRW kepadatan penduduk, aksesibilitas, dan persentase luas permukiman terhadap ketidaksesuaian Peta LSD dengan penggunaan sawah aktual, serta menyusun zonasi prioritas perlindungan lahan sawah berdasarkan analisis daya dukung pangan. Penelitian menggunakan pendekatan kuantitatif dengan teknik overlay, Nearest Neighbour Analysis (NNA), regresi linear berganda, dan analisis daya dukung pangan berbasis produksi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ketidaksesuaian Peta LSD ditemukan pada seluruh wilayah penelitian, namun secara statistik membentuk pola spasial mengelompok. Secara parsial, ketidaksesuaian Peta LSD terhadap RTRW (p=0,034) dan kepadatan penduduk (p 0,004) berpengaruh signifikan terhadap ketidaksesuaian Peta LSD dengan penggunaan sawah aktual, sedangkan aksesibilitas (p 0,381) dan persentase luas permukiman (p 0,069) tidak berpengaruh signifikan. Secara simultan, keempat variabel berpengaruh signifikan dengan nilai koefisien determinasi (R) sebesar 0,545. Analisis daya dukung pangan menunjukkan bahwa wilayah penelitian masih berada pada kondisi surplus pangan sehingga disusun zonasi prioritas perlindungan lahan sawah yang terdiri atas 11 desa/kelurahan dengan prioritas perlindungan tinggi, 15 desa/kelurahan dengan prioritas perlindungan sedang, dan 3 desa/kelurahan dengan prioritas perlindungan rendah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sinkronisasi kebijakan perlindungan lahan sawah dengan tata ruang serta pengendalian perkembangan wilayah menjadi faktor penting dalam meningkatkan efektivitas perlindungan Lahan Sawah Dilindungi.