Permukiman di sepanjang sempadan Sungai Gajah Wong, Kelurahan Muja Muju, Kecamatan Umbulharjo, berkembang sangat padat dan berpotensi tidak sesuai dengan ketentuan garis sempadan sungai dalam RDTR Kota Yogyakarta (Perwali No. 118 Tahun 2021). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi kondisi eksisting pemanfaatan ruang permukiman dan menganalisis tingkat ketidaksesuaian spasialnya terhadap ketentuan sempadan sungai pada segmen sepanjang 270 meter. Penelitian menggunakan metode kuantitatif deskriptif dengan analisis spasial berbasis ArcGIS. Data dikumpulkan melalui ground check pada 30 titik sampel serta citra satelit resolusi tinggi dan peta RDTR, kemudian dianalisis melalui digitasi, buffering sempadan 3 meter, dan overlay/intersect, serta dinilai menggunakan matriks ITBX. Hasil menunjukkan tidak ada lagi ruang sempadan sungai di seluruh titik pengamatan (jarak bangunan ke sungai 0 meter), dengan 88,58% jaringan jalan eksisting berada di dalam zona sempadan. Berdasarkan matriks ITBX, bangunan hunian berstatus Tidak Diizinkan (X) dan jalan berstatus Diizinkan Bersyarat (B) namun telah dilanggar. Secara keseluruhan, tingkat ketidaksesuaian spasial di area penelitian mencapai 100% terhadap ketentuan RDTR Kota Yogyakarta.