Nyutrayu mengisahkan seorang perempuan yang membenci laki-laki. Namun, laki-laki dalam hal ini bukan dalam arti literer, tetapi narasi atas dunia yang lebih dominan untuk kepentingan laki-laki.

Perempuan itu memiliki kemampuan mendengarkan dari jarak jauh, bahkan menemukan orang yang sudah meninggal, tetapi kemudian banyak yang merasa dirugikan dan mencelakainya. Perempuan itu terkena bom, dan kehilangan kedua matanya. Namun, dalam perjalanannya, ia mendapatkan donor mata biru dari seorang anak perempuan.

Mata biru itu dapat melihat masa lalu dan masa depan. Mata biru itu membawanya bertemu dengan pejuang perempuan lain yang merupakan keturunan tidak jelas dari para nyai pada masa pendudukan Belanda. Mereka memiliki kemampuan masing-masing dengan mata biru itu. Namun, di akhir, narator merebut jalan cerita dan mengisahkan hal mengejutkan berkaitan dengan tokoh perempuan itu. Angan-angan bisa menaklukkan narasi dominan dari laki-laki atas dunia ini dibongkar oleh narator sehingga cerita makin kompleks dan penuh tanda tanya.