Masalah inventarisasi pengelolaan aset tanah di Kabupaten Manokwari Selatan menghadapi sejumlah tantangan yaitu pembangunan infrastruktur jalan, ketidaksesuaian data, pengalihan data-data saat pemekaran kabupaten, dan pembuatan sertifikat tanah, Dinas Pertanahan, Perumahan, dan Kawasan Permukiman turut membantu pemerintah kabupaten dalam menangani masalah- masalah ini, termasuk dalam pengelolaan aset tanah dan permasalahan kompleks terkait pembuatan sertifikat tanah yang dianggap rumit oleh masyarakat karena proses yang panjang. Meskipun demikian, tantangan-tantangan tersebut dapat diatasi dengan upaya sosialisasi kepada masyarakat setempat tentang pentingnya kepemilikan sertifikat tanah, serta dengan dukungan dari DPPKP dalam pengelolaan aset tanah pemerintah daerah. Perbandingan kelengkapan menu antara Aplikasi SAKTI dan SIMDA-BMD dapat dilihat dari menu yang tersedia dalam kedua aplikasi tersebut. Menu dalam aplikasi SAKTI terstruktur dengan baik dan lengkap pada setiap opsi, mencakup informasi seperti periode tahun, masa penggunaan barang, jumlah atau unit, nama, ukuran, dan sebagainya. Aplikasi SAKTI telah menerapkan standar nasional dalam pencatatan dan pengelolaan, sebagai salah satu aplikasi resmi Kementerian Keuangan RI, Ditjen Perbendaharaan Sementara itu, SIMDA-BMD juga merupakan aplikasi dari Kementerian Keuangan Republik Indonesia yang digunakan di tingkat daerah, termasuk di kantor DPPKP Kabupaten Manokwari Selatan. Menu dalam aplikasi SIMDA-BMD belum sepenuhnya lengkap, meskipun pengelolaan dan pencatatannya sudah baik. Namun, terdapat beberapa data yang belum tercatat atau terdata dalam aplikası tersebut. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa aplikasi SAKTI lebih unggul dibandingkan dengan aplikasi SIMDA-BMD karena memiliki struktur yang baik dan mengikuti standar nasional. Namun, aplikasi SIMDA-BMD merupakan aplikasi yang berstandar daerah, sehingga penggunaannya terbatas pada tingkat pemerintah kabupaten saja. Meski begitu, sistem pada aplikasi SIMDA-BMD diperbarui setiap lima tahun sekali.