Pelaksanaan pengadaan tanah untuk pembangunan jalur kereta api akses YIA tidak selalu berjalan dengan baik terutama bagi tanah wakaf. Ganti kerugian terhadap tanah wakaf ada yang dapat diberikan ganti kerugian dan ada yang belum diberikan ganti kerugian. Pihak yang berhak enggan untuk menyerahkan atau memutuskan hubungan hukum dengan tanah tersebut hanya bagi objek tanah wakaf yang terdampak saja. Proses ganti kerugiannya tidak hanya memerlukan kesepakatan antara pihak yang memerlukan tanah dengan pihak yang berhak tetapi memerlukan ijin oleh kementerian terkait yaitu kementerian agama. Tujuan penelitian adalah untuk: (1) Mengetahui perspektif pihak yang berhak (nazhir) atas ganti kerugian pada pengadaan tanah untuk pembangunan jalur kereta api Yogyakarta International Airport (YIA). (2) Memahami proses pelaksanaan ganti kerugian khusus untuk tanah wakaf pada pengadaan tanah bagi pembangunan untuk kepentingan umum. Penelitian ini menggunakan metode penelitian kualitatif dengan pendekatan deskriptif analisis serta kajian yuridis empiris. Guna mengetahui perspektif subjek hak bagi objek tanah wakaf terhadap pelaksanaan ganti kerugian dengan membandingkan terhadap peraturan perundang-undangan yang berlaku dan teori – teori yang relevan. Hasil penelitian menunjukan bahwa perspektif mengenai ganti kerugian pada pengadaan tanah untuk pembangunan jalur kereta api akses YIA dipahami berbeda - beda. Bagi pihak Nahdlatul Ulama memahami ganti kerugian terhadap tanah pengganti itu seluas dan tidak terpisah dari tanah wakaf. Hal ini didasari karena untuk mempermudah dalam membangun rumah sakit. Sedangkan pihak Muhamdiyah memahami bentuk ganti kerugian yang senilai. Bahwa nilai dan manfaat harta benda penukar paling kurang sama dengan harta benda wakaf semula. Pelaksanaan ganti kerugian tanah wakaf pada pengadaan tanah untuk pembangunan jalur kereta YIA pada dasarnya tanah penggantinya tidak bisa dikonsinyasi, yang artinya harus diberikan ganti kerugian.