Indonesia merupakan salah satu negara kepulauan tropis yang terbesar di dunia, dengan sekitar 17.508 buah pulau, dengan panjang garis pantai sekitar 95.181 km. Panjangnya perairan pantai yang dangkal ini memungkinkan penetrasi cahaya matahari bisa sampai ke dasar perairan. Hal ini mengakibatkan tumbuh subur dan tingginya produktivitas primer di perairan tersebut, khususnya di wilayah pesisir,
yang bisa mencapai lebih dari 10.000 gr CIm2/th. produktivitas primer ini memungkinkan pula tigginya produktivitas sekunder danlatau produksi perikanan, yang mencapai sekitar 6,0-6,7 juta ton ikan/th (tangkapan lestani). Tingginya produktivitas ini tidak lepas dari tingginya kesuburan perairan di sub-sub sistem, yang ada di ekosistem perairan mulai dari hulu sampai hilir. Namun dibalik
kesuburan perairan tersebut, aktivitas manusia dalam memanfaatkan potensi sumberdaya alam yang ada di sub-sub sistem tersebut sering kurang ramah terhadap lingkungan. Sehingga limbah aktivitas mereka, baik yang berasal dari aktivitas rumah tangga, pertanian, maupun industri, menyebabkan kualitas air ekosistem perairan menjadi turun, Tingginya dan dampaknya terhadap produktivitas perairan, temasuk juga kesehatan manusia.